Des dizaines d’espèces de chauves-souris non identifiées vivent probablement en Asie – et pourraient héberger de nouveaux virus


Il pourrait y avoir plus d’espèces de chauve-souris en fer à cheval qu’on ne le pensait auparavant.Crédit : Chien Lee/Nature Picture Library

Une analyse génomique suggère qu’il existe probablement des dizaines d’espèces inconnues de chauves-souris en fer à cheval en Asie du Sud-Est1.

Les chauves-souris en fer à cheval (Rhinolophidae) sont considérées comme le réservoir de nombreux virus zoonotiques – qui passent des animaux aux humains – y compris les proches parents des virus qui ont causé le syndrome respiratoire aigu sévère et le COVID-19. L’identification correcte des espèces de chauves-souris pourrait aider à identifier les points chauds géographiques à haut risque de maladie zoonotique, explique Shi Zhengli, virologue à l’Institut de virologie de Wuhan en Chine. « Ce travail est important », dit-elle.

L’étude a été publiée dans Frontières en écologie et évolution le 29 mars.

Une meilleure identification des espèces de chauves-souris inconnues pourrait également soutenir la recherche des origines du SRAS-CoV-2 en précisant où rechercher des chauves-souris susceptibles d’héberger des parents proches du virus, déclare la co-auteure de l’étude Alice Hughes, biologiste de la conservation au Université de Hong Kong. Les plus proches parents connus du SRAS-CoV-2 ont été trouvés dans Rhinolophus affinis chauves-souris dans la province du Yunnan, dans le sud-ouest de la Chine2et chez trois espèces de chauve-souris fer à cheval au Laos3.

Espèces cryptiques

Hughes voulait mieux comprendre la diversité des chauves-souris en Asie du Sud-Est et trouver des moyens standardisés de les identifier. Elle et ses collègues ont donc capturé des chauves-souris dans le sud de la Chine et en Asie du Sud-Est entre 2015 et 2020. Ils ont pris des mesures et des photographies des ailes et de la truffe des chauves-souris – “l’ensemble génial de tissus autour de leur nez”, comme le décrit Hughes – et ont enregistré leur appels d’écholocation. Ils ont également collecté un tout petit morceau de tissu des ailes des chauves-souris pour extraire des données génétiques.

Pour cartographier la diversité génétique des chauves-souris, l’équipe a utilisé des séquences d’ADN mitochondrial de 205 de leurs animaux capturés et 655 autres séquences de bases de données en ligne, représentant un total de 11 espèces de Rhinolophidae. En règle générale, plus la différence entre les génomes de deux chauves-souris est grande, plus il est probable que les animaux représentent des groupes génétiquement distincts, et donc des espèces différentes.

Les chercheurs ont découvert que chacune des 11 espèces était probablement en réalité plusieurs espèces, y compris éventuellement des dizaines d’espèces cachées dans l’ensemble de l’échantillon. Les espèces cachées ou « cryptiques » sont des animaux qui semblent appartenir à la même espèce mais qui sont en fait génétiquement distincts. Par exemple, la diversité génétique de Rhinolophus sinus suggère que le groupe pourrait être composé de six espèces distinctes. Dans l’ensemble, ils ont estimé qu’environ 40% des espèces en Asie n’ont pas été formellement décrites.

“C’est un chiffre qui donne à réfléchir, mais pas très surprenant”, déclare Nancy Simmons, conservatrice au Musée américain d’histoire naturelle de New York. Les chauves-souris rhinolophes sont un groupe complexe et il n’y a eu qu’un échantillonnage limité des animaux, dit-elle.

Cependant, s’appuyer sur l’ADN mitochondrial pourrait signifier que le nombre d’espèces cachées est surestimé. En effet, l’ADN mitochondrial n’est hérité que de la mère, il pourrait donc manquer des informations génétiques importantes, explique Simmons. Pourtant, l’étude pourrait conduire à une rafale de recherches pour nommer de nouvelles espèces de chauves-souris dans la région, dit-elle.

Une preuve supplémentaire

Les résultats corroborent d’autres recherches génétiques suggérant qu’il existe de nombreuses espèces cryptiques en Asie du Sud-Est, explique Charles Francis, biologiste au Service canadien de la faune, Environnement et Changement climatique Canada, à Ottawa, qui étudie les chauves-souris dans la région. Mais, dit-il, les estimations sont basées sur un petit nombre d’échantillons.

L’équipe de Hughes a utilisé les données morphologiques et acoustiques pour effectuer une analyse plus détaillée de 190 chauves-souris trouvées dans le sud de la Chine et au Vietnam et a constaté que cela soutenait leur conclusion selon laquelle de nombreuses espèces n’avaient pas été identifiées dans celles-ci. L’étude présente un argument solide en faveur de “l’utilisation de plusieurs sources de données lors de la délimitation des espèces”, déclare Simmons.

Hughes dit que son équipe a également découvert que le lambeau de tissu juste au-dessus des narines des chauves-souris, appelé sella, pouvait être utilisé pour identifier les espèces sans avoir besoin de données génétiques. Gábor Csorba, taxonomiste au Musée hongrois d’histoire naturelle de Budapest, affirme que cela signifie que les espèces cachées pourraient être identifiées sans faire d’études morphologiques intrusives ou d’analyses ADN coûteuses.

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